Деполимеразы, полученные из областей профага Acinetobacter baumannii, гидролизующий капсульные полисахариды
Команда ученых из Лаборатории молекулярной биоинженерии ИБХ РАН совместно с коллегами из других российских институтов были предсказала и получила несколько различных рекомбинантных деполимераз, закодированных в профаговых областях генома Acinetobacter baumannii. Для двух деполимераз определена специфичность к капсулярным полисахаридам (КПС) A. baumannii, относящимся к капсульным типам К1 и К92 (К-типы). Эти ферменты можно рассматривать как подходящие кандидаты для разработки новых антибактериальных средств против соответствующих типов K A. baumannii.
Были предсказаны и получены несколько различных рекомбинантных деполимераз, закодированных в профаговых областях генома Acinetobacter baumannii. Анализ бактериальных геномов, в которых были обнаружены последовательности, свидетельствовал о том, что они, по-видимому, принадлежали к профаговым областям, содержащим гены, кодирующие сборку фага и структурные белки, продукты, участвующие в фаговом нуклеотидном метаболизме, упаковке ДНК в капсид, лизисе и интеграции ДНК фагов в бактериальные геномы.
Обнаружение отдаленной гомологии белков с помощью сравнения HMM-HMM мотивов, показало, что деполимеразы обладают многодоменной структурой. N-концевые части некоторых деполимераз имеют сходство с хвостовым волокном фага Escherichia T7. Остальные части всех проанализированных белков содержали области, которые проявляли сходство с различными ферментами, гидролизующими углеводы, или хвостовыми шипами литических фагов. Таким образом, изученные белки, скорее всего, относятся к деполимеразам хвостовых шипов профагов, которые участвуют на первых этапах взаимодействия с бактериями-хозяевами. Моделирование доменной организации мономеров деполимеразы, происходящих из профага, с помощью AlphaFold 2 также выявило несколько областей, соответствующих N-концевой, центральной и С-концевой частям.
Фото: сайт ИБХ РАН