Эксперты подвели предварительные итоги медицинской части Национальной генетической инициативы «100 000+Я»
Масштабный проект в рамках федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019‒2030 годы реализует компания «Биотехнологический кампус». Она отвечает за проведение полногеномного секвенирования, хранение и анализ данных. Одним из ключевых медицинских партнеров проекта, обеспечивающих клиническую интерпретацию результатов и сопровождение пациентов, выступает Медико-генетический научный центр (МГНЦ) им. академика Н.П. Бочкова. Технологическим партнером является ПАО «НК «Роснефть». В рамках проекта собрана одна из крупнейших в России база полногеномных данных.
«Наша база высококачественных полных геномов состоит из двух частей. Половина базы – это геномы здоровых волонтеров из различных регионов страны. Этот популяционный раздел базы позволяет определять частоты генетических вариантов у здорового населения и позволяет отсечь часто встречающиеся варианты, которые отражают генетическое разнообразие россиян и не имеют медицинского значения. Другая половина базы – медицинская. В ней хранятся геномы пациентов различных медицинских учреждений и, в ряде случаев, родственников этих пациентов», – рассказал генеральный директор компании «Биотехнологический кампус», научный руководитель Национальной генетической инициативы «100 000 + Я», д.б.н., профессор Константин Северинов.
Медицинским партнером проекта выступает Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова, головное учреждение в сфере медицинской генетики в России, референсный центр федеральной программы расширенного неонатального скрининга. Полногеномные исследования в ряде случаев помогают установить диагноз наследственного заболевания, когда другие методы (исследование отдельных генов, панелей, экзомов) не позволяют выяснить причину заболевания.
Специалисты МГНЦ направили для полногеномного секвенирования в рамках Национальной генетической инициативы «100 000 + Я» более 20 тысяч образцов, это около 12 тысяч пациентов и их родственников. Треть направленных образцов прошла все этапы обработки от секвенирования до написания клинического заключения и консультации семей врачами-генетиками.
Среди больных в трети случаев (29 %) полногеномные исследования позволили установить однозначный диагноз, то есть были выявлены патогенные варианты. В 3012 случаях результаты полногеномных тестов выявили варианты неопределенного клинического значения. Для подтверждения их патогенности в Медико-генетическом научном центре имени академика Н.П. Бочкова будут проводиться дополнительные научные эксперименты.
«На сегодня исследование полного генома – наиболее информативный метод молекулярной диагностики. Использование его в клинической практике позволило выявлять патогенные изменения, приводящие к заболеваниям, в тех областях генома, которые еще 20 лет назад были недоступны для анализа. Это привело и к росту числа описанных наследственных заболеваний, в том числе, уникальных, которыми страдает всего несколько человек в мире, и к более полному пониманию причин развития патологии. Однако до сих пор геном хранит много тайн. Причины заболевания даже при исследовании полного генома выявляются по разным данным в среднем у 40‒60% пациентов. В остальных случаях они скрыты. Накопление знаний по вариабельности генома, в том числе, создание баз данных, в этом и подобных проектах, позволяет более глубоко исследовать причины и механизмы развития заболеваний», – рассказала заведующая лабораторией молекулярно-генетической диагностики Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова, к.м.н. Оксана Рыжкова.
«За каждым полногеномным исследованием стоит интенсивная аналитическая работа команды специалистов. Именно тесное взаимодействие клинических генетиков, работающих непосредственно с пациентом и семьей, лабораторных генетиков и биоинформатиков, которые выполняют исследование генома, расшифровывают генетический код и находят значимые изменения в геноме и сопоставляют их с клинической картиной пациента, установленной врачом-генетиком. Это позволяет превратить миллионы генетических «сигналов» в точный диагноз», – подчеркнула заведующая Научно-консультативным отделом Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова, д.м.н. Татьяна Маркова. Она добавила, что специалисты проводят полногеномное секвенирование в формате «трио» — одновременно анализируют геномы ребенка и обоих родителей. Такой подход позволяет точно определить, какие генетические варианты были унаследованы, а какие возникли впервые, что значительно ускоряет выявление причин заболевания и повышает точность диагностики.
Создание базы данных полногеномных исследований имеет большие перспективы для развития медицинской генетики. Такая база становится не просто научным ресурсом, а фундаментом для точной диагностики, персонализированного лечения и профилактики наследственных заболеваний. В условиях перехода к широкому применению геномных технологий в клинической практике возникает критическая потребность в этнически и географически релевантных референсных данных — именно они позволяют отличить безвредные генетические особенности популяции от патогенных мутаций.
«Если рассматривать в перспективе скрининг полногеномными методами, необходима референсная база. Собранная база данных включает в себя различные этнические группы, поскольку врачам-генетикам необходимо иметь сведения о частотах встречаемости генетических вариантов в Российской Федерации, это исключительно важно для диагностического процесса. Частоты – это тот базис, который позволяет работать с биоинформатическими данными, – отметил директор Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова, главный внештатный генетик Минздрава России, академик РАН Сергей Куцев.
По словам ученого, до недавнего времени полногеномные исследования в мировой практике в основном носили научный характер и были ориентированы на популяционно-генетические задачи — например, изучение происхождения этносов, миграционных процессов и другие фундаментальные вопросы. Однако в последние годы все чаще эти методы начинают применяться в клинической практике. С учетом снижения стоимости секвенирования и активного формирования репрезентативных геномных баз данных, полногеномные технологии в перспективе могут стать стандартом диагностики первой линии.
Национальная генетическая инициатива «100 000+Я» – практический шаг к решению конкретных клинических задач. Уже сегодня собранные данные помогают ставить диагнозы пациентам с редкими заболеваниями, сокращать диагностический путь и избегать лишних обследований. В перспективе созданная база станет важным инструментом врачей-генетиков: она повысит точность интерпретации геномных данных и обеспечит этнически релевантную референсную информацию для всей страны.
Фото: Пресс-служба ПАО «НК «Роснефть»