Новый метод неинвазивного пренатального скрининга выявляет хромосомные аномалии плода с высокой точностью
По сообщению портала PCR.news, ученые из Санкт-Петербурга разработали протокол неинвазивного пренатального скрининга на основе NGS и применили его к образцам крови от 4 272 беременных женщин. Высокий риск хромосомных аномалий плода был обнаружен у 173 пациенток. Для 138 из них аномалия была подтверждена амниоцентезом.
Пренатальная диагностика врожденных и наследственных заболеваний — важное направление медицинской генетики. «Наиболее распространенные отклонения — это трисомии по хромосомам 21 (синдром Дауна), 18 (синдром Эдвардса), 13 (синдром Патау) и анеуплоидии по половым хромосомам. Анеуплоидии по другим хромосомам, как правило, сопровождаются очень тяжелыми пороками развития. Такие плоды часто спонтанно прерываются на ранних сроках беременности. Частота хромосомных патологий плода связана с возрастом беременной женщины, она очень резко возрастает после 40 лет», — поясняет Ольга Тарасенко, научный сотрудник лаборатории геномики НИИ АГиР им. Д.О. Отта.
Ранний пренатальный скрининг (РПС) включает УЗИ, определение сывороточных маркеров в крови матери и расчет риска хромосомных аномалий. РПС позволяет выявить до 90% плодов с распространенными отклонениями, но большей эффективности с помощью перечисленных методов добиться невозможно. Неинвазивный пренатальный ДНК-скрининг (НИПС, или НИПТ — неинвазивное пренатальное тестирование) основан на прямом исследовании ДНК плода в крови матери. Он дает низкие уровни ложноположительных результатов, высокую чувствительность и специфичность. НИПТ требует подтверждения, поскольку источником ДНК служат клетки цитотрофобласта — отдела плаценты, а не плода.
Научная группа из НИИ АГиР им. Д.О. Отта с коллегами из СПб ГКУЗ «Диагностический центр (медико-генетический)» провела полногеномный скрининг ДНК, включающей геномы матери и плода, используя плазму крови 4 272 беременных женщин. Они использовали NGS с низким покрытием. «С помощью полногеномного НИПТ, при котором анализируют 23 пары хромосом, можно определить анеуплоидии по всем хромосомам. НИПТ рекомендуют проводить на сроке 12–15 недель, поскольку к 12 неделям в кровотоке матери появляется достаточное количество ДНК плода», — комментирует Ольга Тарасенко, которая стала первым автором работы.
Тест был разработан учеными в сотрудничестве с российской компанией ООО «НИПТ» (Санкт-Петербург). Запатентованный протокол включает пробоподготовку, NGS и биоинформатическую обработку результатов. Исследование проводилось с декабря 2019 года по апрель 2022 года. В нем участвовали женщины с одноплодной беременностьюв возрасте от 16 до 49 лет.
Результаты НИПТ удалось получить в 99,6% случаев. У 95,6% пациенток был выявлен низкий риск хромосомных аномалий, у 4,05% (173) — высокий риск. Если результаты тестирования указывали на высокий риск аномалии, проводился повторный НИПТ. Он подтвердил первый результат во всех 173 случаях. Среди аномалий преобладала трисомия по 21 хромосоме (60%), на нарушения 18, 13 и половых хромосом пришлось 8%, 7% и 6%, соответственно; 19% составили редкие трисомии. Исследованная выборка не была популяционной, поэтому полученные данные не позволяют напрямую сравнить эффективность НИПТ и РПС.
Авторы работы заключают, что разработанный ими тест является надежным методом пренатального скрининга и позволяет с высокой точностью определить как часто встречающиеся, так и редкие хромосомные патологии плода.
Тарасенко О.А. и др. Опыт применения высокопроизводительного секвенирования (NGS) для проведения неинвазивного пренатального скрининга анеуплоидий плода на базе ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта» // Акушерство и гинекология. 2022; 10: 37-49; DOI: 10.18565/aig.2022.10.37-49