Новый штамм – биодеструктор углеводородов охарактеризован учеными ФИЦ ПНЦБИ РАН
Банк данных полногеномных нуклеотидных последовательностей микроорганизмов пополнился новыми сведениями – сотрудниками Института биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина ФИЦ ПНЦБИ РАН расшифрован и охарактеризован геном бактерии Rhodococcus opacus S8, обитающей на почвах, загрязненных нефтепродуктами. Микрофлора таких «проблемных» с точки зрения экологии зон, в особенности, в северных широтах, представляет собой бесценный источник эволюционно сложившихся природоподобных инструментов утилизации углеводородов, используемых микроорганизмами для жизнеобеспечения. А для исследователей эти метаболические пути являются основой для разработки новых способов борьбы с техногенными загрязнениями – спутниками крупных нефтедобывающих комплексов. Современный подход к поиску микроорганизмов, востребованных в биотехнологии, предполагает сбор материала в природных резервуарах, выявление и получение в чистом виде штаммов, представляющих интерес, их полногеномное секвенирование и аннотацию, выявление генов, отвечающих за полезные свойства, биохимическую и морфологическую характеристику. Именно в рамках такого «золотого стандарта» исследования выполнена работа, опубликованная в июньском номере журнала Microorganisms (Yanina Delegan, Kirill Petrikov,Ekaterina Frantsuzova, Natalia Rudenko, Viktor Solomentsev, Nataliya Suzina, Vasili Travkin, and Inna P. Solyanikova Complete Genome Analysis of Rhodococcus opacus S8 Capable of Degrading Alkanes and Producing Biosurfactant Reveals Its Genetic Adaptation for Crude Oil Decomposition. Microorganisms. 2022 Jun; 10(6): 1172). Эта масштабная междисциплинарная работа стала результатом межлабораторной кооперации в ИБФМ РАН ФИЦ ПНЦБИ РАН, сотрудничества в рамках ФИЦ ПНЦБИ РАН (ИФПБ РАН) и взаимодействия с Региональным микробиологическим центром Белгородского Национального исследовательского Университета и Центром прикладной микробиологии и биотехнологии в Оболенске. Штамм предоставлен Лабораторией энзиматической деградации органических соединений ИБФМ РАН, значительная часть исследования выполнена в Лабораториях физиологии микроорганизмов, микробной энзимологии, цитологии микроорганизмов и биологии плазмид ИБФМ РАН. Результатом труда коллектива наших коллег стала полная реконструкция бактериальной хромосомы (7.75 млн. нуклеотидных пар) и двух плазмид размером 135 тыс. п.н. и 105 тыс. п.н., оценка сурфактант-продуцирующих свойств, выявление кластеров генов, отвечающих за катаболизм ароматических углеводородов. Авторы считают, что исследованный штамм Rhodococcus opacus обладает значительным потенциалом для использования в биотехнологии.
Фото: сайт ФИЦ ПНЦБИ РАН, фото из публикации.