Опубликована методика сбора и секвенирования бактериальных образцов по всему миру
Всемирный консорциум ученых, возглавляемый Институтом Эрлхэма (Норвич, Великобритания) и Университетом Ливерпуля (Великобритания), сделал секвенирование полного генома (Whole Genome Sequencing – WGS) доступным для ученых из стран с низким и средним уровнем доходов.
В условиях сложной эпидемической ситуации способность стран вносить свой вклад посредством недорогостоящего и быстрого секвенирования полного генома приобретает все большее значение. Методы, опубликованные в журнале Genome Biology, могут быть применены к большим коллекциям бактериальных патогенов и укрепят глобальное исследовательское сотрудничество для борьбы с будущими пандемиями.
Секвенирование генома тысяч микроорганизмов остается дорогостоящим — в основном из—за затрат, связанных с транспортировкой образцов и созданием библиотек ДНК, в то время как потребность в коллекциях последовательностей генома ключевых патогенов в последние годы значительно возросла.
«Прошло 26 лет с тех пор, как был секвенирован первый бактериальный геном, и теперь возможно секвенировать бактериальные изоляты в больших масштабах. Однако доступ к этой технологии остается ограниченным для ученых в странах с низким и средним уровнем дохода,- сказал автор исследования, директор Института Эрлхэма, профессор Нил Холл. — Необходимость «демократизации» области геномного анализа патогенов побудила нас разработать новую стратегию секвенирования тысяч бактериальных изолятов — вместе с сотрудниками, базирующимися в экономически неблагополучных странах».
В Ливерпульском университете был разработан логистический конвейер для доставки инактивированных теплом изолятов бактерий Salmonella enterica в виде «термолизатов» со всего мира в Великобританию. Впоследствии изоляты были секвенированы в Институте Эрлхэма с использованием уникального протокола LITE. В общей сложности создание библиотеки генов и биоинформационный анализ секвенирования ДНК были проведены с общей стоимостью реагентов менее 10 долларов США (около 7,50 фунтов стерлингов) за геном.
Доктор Бланка Перес Сепульведа, научный сотрудник и автор исследования в Ливерпульском университете, которая руководила глобальным сбором, оптимизацией и анализом образцов, добавила: «Внедрение крупномасштабного секвенирования генома и анализа бактериальных патогенов станет огромным преимуществом для общественного здравоохранения и эпиднадзора в странах с низким и средним доходом. Здесь мы создали эффективный и относительно недорогой конвейер для сбора и секвенирования бактериальных геномов по всему миру».