Школа по высокопроизводительным методам анализа генома растений: объединяя генетику и ботанику, Москву и Санкт-Петербург
С 12 января по 20 апреля 2023 года в Ботаническом институте им. В.Л. Комарова Российской академии наук (БИН РАН) в Санкт-Петербурге проходила научно-практическая Школа по высокопроизводительным методам анализа генома. В течение четырех месяцев сорок специалистов из нескольких институтов и университетов осваивали биоинформатические методы, применяющиеся в биологии растений, чтобы использовать их в своих исследованиях.
Организаторами школы выступили Сколковский институт науки и технологий (Сколтех) и Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича Российской академии наук (ИППИ РАН) в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий. Программа курса разработана старшим преподавателем Центра молекулярной и клеточной биологии Сколтеха Марией Логачевой совместно с коллегами из лаборатории геномики растений ИППИ РАН во главе с ведущим научным сотрудником Алексеем Пениным. Слушатели — аспиранты, кандидаты и доктора наук из БИН РАН, Всероссийского института генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова (ВИР), Санкт-Петербургского государственного химико-фармацевтического университета, Санкт-Петербургского государственного университета и Гродненского государственного аграрного университета (Беларусь).
Занятия проходили в историческом здании Гербария высших растений БИН РАН на живописной территории Ботанического сада Петра Великого. За время обучения участниками был освоен процесс обработки данных высокопроизводительного секвенирования с момента планирования и подготовки эксперимента до непосредственно анализа данных. Преподаватели показывали, как можно собирать геномы и транскриптомы, изучать родство организмов (филогению), анализировать профили экспрессии генов, искать в геноме гены, связанные с возникновением того или иного фенотипа и многое другое. В разделе, посвященном статистике, слушатели учились использовать различные методы статистического анализа и визуализировать результаты, создавая иллюстрации для статей с использованием языка R.
По словам Алексея Пенина, главная задача школы — наладить междисциплинарные связи между генетиками, биоинформатиками и ботаниками. «Этот симбиоз обоюдно полезен: ботаники как никто другой знают объект, то есть растения, а генетики предлагают методы, которые позволят вывести исследования на качественно новый уровень, – отметил он. – Кроме того, тут прослеживаются историческая параллель: в советское время БИН РАН брал под свое покровительство генетиков, подвергавшихся по инициативе академика Лысенко всевозможным гонениям. И прошедшая школа — это символическое возвращение генетиков в Ботанический институт, но уже в другом статусе и качестве».
Для слушателей школы обучение стало возможностью взглянуть на предмет исследования с позиции другой дисциплины, расширить доступный инструментарий, наладить связи с коллегами, углубить понимание научной литературы. Кроме этого, участники отмечали доступную и увлекательную подачу материала, готовность преподавателей отвечать на вопросы вне занятий.
Прошедшая в Санкт-Петербурге школа стала частью образовательной программы, которая сейчас активно развивается силами неформальной коллаборации ИППИ и Сколтеха. Так, летом 2022 года в Москве прошел интенсив по применению высокопроизводительного секвенирования в генетике и селекции растений для студентов и молодых ученых из различных регионов России.
«Мы надеемся, что подобные мероприятия будут проводиться и дальше, стимулируя взаимодействие исследователей из разных областей биологии, что обогатит науку новыми знаниями о таком важном и интересном объекте, как растения», – сказала Мария Логачева.
Следующая школа по высокопроизводительным методам анализа генома растений пройдет осенью 2023 года в Москве.
Фото: сотрудники БИН РАН организовали для московских коллег экскурсию по Ботаническому саду Петра Великого. Источник: пресс-служба ИППИ РАН