В России разработано программное обеспечение для предсказания расположения элементов генома человека
В Центре искусственного интеллекта НИУ ВШЭ создано программное обеспечение для предсказания расположения элементов генома человека. По сообщению пресс-службы НИУ ВШЭ, ученые использовали методы глубинного обучения на основе омиксных данных о различных молекулярных компонентах организма.
Разработка поможет генетическим лабораториям расширить интерпретацию результатов персональной диагностики, а фармацевтическим компаниям будет полезна при поиске таргетов в разработке лекарств.
«Разработанное ПО – уникальное решение с широким спектром функциональных возможностей. Оно создано с учетом стремительно развивающейся области архитектур глубинного обучения. Модули нейронных сетей легко заменяемы на будущие SOTA модели. Агрегация и предобработка больших объемов омиксных данных – преимущество, которое сэкономит пользователям недели, если не месяцы трудоемкой работы», – подчеркнула Мария Попцова, руководитель проекта «Искусственный интеллект в биоинформатике» Центра искусственного интеллекта НИУ ВШЭ.
Пользователь в веб-браузере может загружать на сервер омиксные данные – совокупность информации о различных молекулярных компонентах организма, таких как гены, белки, метаболиты и другие. В основе этого понятия лежит префикс «омикс-», который обозначает исследование глобального уровня в организме. Далее необходимо выбрать ряд параметров обработки: тип данных, аннотации геномных функциональных элементов для обучения модели, полный геном анализируемого типа и архитектуру нейронной сети. После этого программа создает модель и запускает процесс ее обучения.
На выходе пользователь получает данные о вероятности нахождения элемента в выбранной позиции, статистический анализ геномных признаков, а также аннотацию участков для исследуемого генома.
Фото: пресс-служба НИУ ВШЭ