Ученые нашли новые гены-кандидаты, связанные с признаками мясной продуктивности овец
Специалисты Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН создали уникальную платформу GWAS-MAP|ovis для хранения, унификации и анализа результатов полногеномных исследований ассоциаций различных признаков овец, при помощи которой найдено 8 новых локусов, связанных с мясной продуктивностью овец.
Современные генетические технологии активно применяются в сельском хозяйстве. Анализ геномов разных пород позволяет выявлять гены, связанные с конкретными признаками животных. Эти данные могут быть использованы для отбора маркеров для селекции желаемых признаков или кандидатов-мишеней для редактирования генома.
В рамках Программы развития ЦГИМУ «Курчатовский Геномный Центр», ученые ИЦиГ СО РАН изучают генетический контроль мясной продуктивности овец, используя современные методы количественной генетики. В частности, новосибирскими учеными была создана платформа GWAS-MAP|ovis, которая позволяет осуществлять агрегацию, унификацию, визуализацию результатов полногеномных исследований овец и проводить дополнительный анализ этих данных. Такой подход позволил найти 12 локусов, связанных с мясной продуктивностью овец, 8 из которых были выявлены впервые. Веб-интерфейс платформы находится в открытом доступе по адресу https://pheligeovis.icgbio.ru/.
«Овцеводство – одна из важнейших отраслей сельского хозяйства. В настоящее время самым популярным продуктом овцеводства является именно мясо, хотя до недавнего времени, в селекции овец больше внимания уделялось признакам, связанным с качеством шерсти. В отличие от крупного рогатого скота, сведений о локусах и генах овец, ассоциированных с различными экономически важными признаками, известно существенно меньше», – отметил младший научный сотрудник ИЦиГ СО РАН Александр Злобин.
При наполнении платформы исследователи столкнулись с разными сложностями. Главной стало отсутствие доступа к полногеномным данным в опубликованных статьях. Из 46 проанализированных публикаций только одно исследование предоставило доступ к полногеномным данным в нужном формате. Другая проблема, как рассказал А. Злобин, – отсутствие общепринятых стандартов для проведения полногеномных исследований ассоциаций овец.
В результате проделанной учеными работы, платформа GWAS-MAP|ovi была наполнена унифицированными данными, прошедшими «контроль качества». Их анализ позволил обнаружить новые локусы. Для них выявлено 13 генов, которые потенциально могут регулировать признаки мясной продуктивности.
Ученые уже применили созданную платформу для оценки племенной ценности российских пород овец. С ее помощью была извлечена информация об эффекте локусов на признак «масса туши». Полученные данные сопоставили с реальными данными о 94 животных – гибридах романовской породы овец и архара, предоставленными исследователями из ВИЖ им. Л.К. Эрнста (г. Москва) и подтвердили высокий предсказательный потенциал созданной платформы.
Источник: ФГБНУ «ФИЦ Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН»
Фото: aleksandarlittlewolf / Freepik